Dans Marajoara, les joueurs incarnent des conservateurs de musée qui explorent l'île Marajo pour déterrer et restaurer d'anciens vases précolombiens. Le jeu s’inspire des mécaniques du solitaire, où les joueurs déplacent et capturent des dés sur une grille pour réaliser des actions, progresser sur des pistes d’excavation et obtenir des bonus. Pendant 14 tours, ils fouillent, restaurent, exposent et collectent des points de victoire. Le joueur avec le plus de points remporte la partie.